1945年9月3日，也就是在日本签字投降正式生效的这一天，“民主科学座谈会”这个政治性团体，在重庆市渝中区中山一路162号中苏文化协会召开了扩大座谈会。鉴于战后（抗日战争）面临着“两个中国之命运”，参加座谈会的同志感到斗争的道路还很长，而战后都要回到各自原来的地方，有必要建立一个组织以加强联系，团结奋斗，遂决定扩大成员，建立组织，并以9月3日这个日子命名，因为“抗战最久而受创最深之中国人民，对此伟大的民主胜利之九月三日，应谋发扬光大”，故称“九三座谈会”。作为一个民主党派，其正式踏上了中国的政治舞台。1946年1月6日，九三座谈会举行会议，会上，对组织的名称进行了讨论，决定采用“九三学社”这个名字。“九三”源自9月3日，即抗战胜利的日子，带有政治性，“学社”则有明显的学术性，以利于团结广大知识分子参加进来。

1946年5月4日，在重庆大梁子公园路青年大厦正式召开九三学社成立大会。成立大会通过了《九三学社缘起》《成立宣言》《基本主张》《对时局主张》等几个文件。从九三学社成立时的组织成分和发表的一系列文件及成立前后对“国共和谈”“旧政协会议”的召开等政治问题的态度和实际活动来看，九三学社坚持五四运动反帝反封建的爱国的基本精神，为民主与科学而奋斗，反对国民党的官僚政治和内战政策，争取和平、民主，建立新的经济制度，谋求发展科技和普及教育等等。

现在社内外也存在一种疑惑：《九三学社史》记载，九三学社成立于1946年5月4日，为何将9月3日确定为创建纪念日，而不是5月4日？九三学社中央研究室已做了考证——我们可以确定：创建以来，九三学社就存在两个社庆纪念日，即5月4日和9月3日，社庆日无论定为五四还是九三，都能在历史上找到依据，都具有正当性。其差别在于，严格说来，五四是成立周年纪念日，九三是创建（发起、创立、建社）周年纪念日；“成立周年”社庆的时间从1946年5月4日算起，“创建（建社）周年”社庆的时间从1945年9月3日算起。总览九三学社创建以来的历次社庆活动，是基本考虑到了这种细微差别的。而从具体的社庆活动来看，1985年以来，9月3日已成为九三学社上下共识的社庆纪念日，也是唯一公开庆祝的社庆纪念日。